На мой взгляд, может быть несколько основных причин:
1) Запутанный интерфейс программы / процессов в компании. Когда даже имея документацию, всё равно сложно / рискованно что-то делать самостоятельно
2) Отсутствие качественной документации. Некуда больше обратиться с вопросом кроме как шагать в другой отдел.
3) Высокая текучесть кадров в первом отделе. Если там половина сотрудников - новички, они будут пытаться разобраться разными способами.
4) Быстрый ритм развития. Может быть ваш отдел так динамично меняет условия, что второму отделу лучше переспрашивать каждый раз перед тем как что-то сделать.
Было бы хорошо понимать с вашей точки зрения, в чем больше заключена проблема?
Из общих рекомендаций, можно попробовать следующее:
1) Разобрать ситуацию с позиции бизнес-процессов второго отдела. Возможно, в процессе работы специалистов действительно есть "пробелы" и они из раза в раз не знают как самостоятельно это решить. Это больше про должностные инструкции, чек-листы к рабочим задачам и описанию внутренних процессов
2) Попробовать собрать в базу и структурировать вопросы. Допустим, вы выявите 5 "категорий" вопросов. Тогда по ним, как по самым частым, нужно подготовить инструкцию. И в инструкции указать контакты кого-то одного, кто будет актуализировать инструкцию и отвечать на вопросы из этой категории. Возможно, это будет человек из второго отдела, которого вы уже научили.