Делать чекдиск можно - все же для него это тоже диск с файлами. Просто нельзя забывать сперва подумать - а ошибка откуда взялась? Питание упало? Или сервер стукнули при работе? Тогда сперва чекаем smart, затем проверяем массив на рассинхронизацию (ну кроме уровня 0). Ошибки при синхронизации не вылезли - оке, можно не волноваться (ну не больше чем обычно).
А если уж один диск выпал - тут не проверять ошибки надо, а молиться, что после замены не вылезут bad-блоки на оставшихся и массив пересоберется.