Вы можете управлять моторами сами, без 3D принтера, если вам не важно, как перемещаться из точки в точку.
В 3D принтере есть два важных момента, которые для вам могут быть не так важны.
1. Интерполяция. В CNC устройствах раньше было отдельное устройство, которое так и называлось - интерполятор. Сейчас все умещается даже в Ардуино. Его задача рассчитать, как подавать импульсы на 3 мотора, так чтобы движение шло равномерно по всем осям (линия) или наоборот неравномерно (окружность в нужной плоскости). Если вам это не важно, то проще написать свою программу последовательного перемещения по каждой из осей - сначала Х, потом У, затем Z.
2. Ускорения. Вторая головная боль для CNC. Нужно учитывать механику и инерцию конкретной конструкции, для того что бы быстро разогнать, а потом затормозить все оси. Да так, чтобы не поломать интерполяцию, потому что...
2а. ... в дешевых CNC датчиков обратной связи нет (кроме концевых выключателей). Если начнутся пропуски шагов, то для любого CNC устройства это катастрофа - понимание местоположения головы будет не достоверным. Для 3D принтера или гравера - это искажение геометрии изготовляемой детали, что не приемлемо. Для вас это может быть не критично - сначала грубое перемещение в заданную область, а затем, если нужно - точное прицеливание (ой, это я из другой своей работы...)