Евгений

Попробуйте вот этот плагин для Maven. Он позволит Вам собрать так называемый uber-jar.

в папке conf томката есть файл server.xml, в котором можно обнаружить следующие строки

<Host name="localhost"  appBase="webapps"
            unpackWARs="true" autoDeploy="true">
...
</Host>

собственно, они и ответственны за настройку, которая Вам нужна. Вы можете поправить текущую настройку, можете добавить свою. Так же можно добавить настройку для конкретного контекста. Например, Ваше приложение доступно по ссылке localhost/myApp, тогда вы можете в server.xml добавить такую настройку внутри тега Host:

<Host name="localhost"  appBase="webapps"
            unpackWARs="true" autoDeploy="true">
           <Context path="/myApp" docBase="/home/user/awesome_app"></Context>
</Host>

При этом в директории /home/user/awesome_app должно быть распакованное приложение.

Прежде чем копировать настройки, что я описал в свой server.xml, советую ознакомиться с документацией на сайте томката, благо она не очень объемная и вполне доступным языком описана.

Чем не устраивает передача объектов class1, class2 через конструктор в class3, class4 ?
Можно завести в class3, например, поле с типом class1, и сделать setter для этого поля. Тогда, после инициализации class3, Вам нужно будет через setter положить в него экземпляр class1.

Для более "изящных" способов народ использует Dependency Injection. В Spring, например, годный DI механизм. И если заглянуть в его потроха, то Вы убедитесь, что он поступает именно описанными мной вариантами: внедрение зависимости через конструктор, либо через setter. Нет, есть еще конечно Reflection, но Вам, наверное, это пока не интересно.

Все выше описанное справедливо для разработки на Java.

Да тут собственно ничего особенного не придумано. Конкретно в maven можно это разрулить профилями. Грубо говоря, профили позволят maven-у намекнуть, какой файл с настройками положить в сборку.

Ну если говорить конкретно про сайты погоды, то они как правило предоставляют API для получения подобной информации в том или ином виде. Вот тут есть полезные ссылки.

String.format("%-20s %-20s %-20s", userDTO.getUserId().trim(), userDTO.getName().trim(), userDTO.getEmail().trim())