1. Подключайте горизонтально без соблюдения "полярности", не включится переверните.
2. Если я правильно помню пины разной формы (защита от дурака), неправильно просто не воткнется
3. я так понимаю что это второй порт для двухвентильного кулера. Если материнка рулит кулерами синхронно, то лучше не надо, вешайте на chafan. когда управление осадит обороты на кулере, то второй вентиль прилаженный на вхлоп\выхлоп в корпусе тоже просядет. а если они отдельнонастраеваемые, то велкам, ставьте на здоровье.
4. Можно, оставляйте так. Можно конечно перевернуть (крепления на корпусе позволяют), но я считаю что лучше пусть сосёт холодный воздух снаружи на 70%, чем горячий изнутри по полной.
5. Правильно, там на материнке нарисовано рядом, что второй канал надо заполнять FIRST, тобиш первым
6. Я бы не трогал. Если заведётся без посторонних манипуляций , то просто забыл бы про этот переключатель. А если очень интересно, то гуглите.