Приходилось заниматься подобными вещами. Может мои соображения окажутся полезными:
1. «Минимальный» дистрибутив. Если прямо вот на самом деле важно сделать как можно меньше его — то лучший вариант даже не Gentoo, а Linux From Scratch (
www.linuxfromscratch.org/index.html ). Это даже не дистрибут, а просто гайд, как самому из исходников создать систему. Я в свое время по ней делал системы и размером даже с 1 флоппи диск (1.44Мб!), и вообще тогдашние давние гайды и разные мини-линукса, сейчас менее актуальны уже, но все таки могут быть интересны.
Чем скромнее будет дистрибут — тем меньше глюков и меньше всяких непонятных процессов в памяти, которые жрут и память и CPU.
Если же размеры такого уж критического значения не имеют, и проливать кровь за каждый сэкономленный килобайт не будете — то лучше тот дистрибут, с которым сами ближе знакомы. Для меня это был бы дебиан или убунту, но для вас может быть и наоборот.
2. GUI ооочень слабо завязан на дистрибут. Можете писать GUI например, на дебиане, а потом запустить на генту, просто поставив нужные библиотеки. И вообще — GUI — это ж ведь просто программа, как firefox или vim — ее не пишут под дистрибут, ее просто пишут. А под дистриб только потом чуть-чуть напильником подпиливают.
3. Драйвер (модуль ядра) — вообще до дистриба не зависит. Важна только поддержка определенных версий дистрибом. (например, драйвер от 2.6 так просто на 3.0 не пойдет. Даже иногда внутри самой 2.6 после определенных изменений ядра, к новой версии нужно чуть дописывать драйвер, который писался для чуть более старой версии. Но внутри ветки, все эти изменения всегда очень небольшие).