У меня forever(sudo npm forever -g) для 2,3,4, автостарт прописан в /etc/init.d/local
строчками
forever start app1/server.js
forever start app2/server.js
Для логов лучше log4js — ничего специально даже делать не надо, он умеет консоль перенаправлять.
Хотя, если с самого начала им пользоваться, то конечно лучше спец методы вызывать (info, error и т.д.).
5. писать руками.
Для слежения за работоспособностью приложения желательно иметь дополнительный критерий, а не только запущено/незапущено. Например, периодически делать ему запрос, и ждать ответа. По таймауту перезапускать.