1. Нельзя проверять результат функции stripos на отрицательность таким образом. Она может вернуть 0, а это будет означать, что подстрока найдена на нулевом символе, а у вас будет в итоге "не удалось найти"
2. По сути - вы должны обратно $url вернуть в $get_csv в нужный ключ, т.е. надо так
foreach ($get_csv as $k => $url) {
if(!strpos($url[0], '://')){
$get_csv[$k][0] = str_replace(':/', '://', $url[0]);
}
}