А что такое "электронный вид"? Подписанный ЭЦП? Или скан бумажного документа. В первом случае он ничего не допишет, по идее. А второй вроде как не имеет юридической силы в РФ (раньше точно не имел, последние изменения законов не знаю, но по теме вроде ничего такого не слышала).
Насчет просрочки. У вас был договор оказания услуг. Наверное, можно применять Закон о защите прав потребителей, если заказчик - физлицо. Статья 28, 3% пеня за каждый день просрочки. Или от общей суммы, или от несделанной части.
Есть ли в договоре пункты, что заказчик обязан принять работу в такой-то срок? Не оплачивая (или задерживая оплату), он тоже что-то нарушает, по идее.