как люди любят себе усложнять жизнь )
lvm, btrfs, zfs, рейды, 100500 разделов ... брр
ставьте на nvme одни(/) раздел (или два[+ /boot] если у вас UEFI), не отделяя хомяк в отдельный раздел
а на ssd можно будет скидывать тяжелые файлы - фильмы, музыка, виртуальные машины и др., а также бекап важных данных с nvme
По поводу рут и Хоум на nvme - это же очень много для системы и кофигов. 90% будет пустовать на этом диске.
не страшно, во первых, хомяк со временем растёт, во вторых чем больше свободного места тем дольше прослужит ваш nvme, так как данные не перезаписываются сразу по месту как в hdd, а "равномерно дописываются" на свободное место.
В общем если кратко, как лучше спроектировать дисковое пространство с точки зрения перспективы безгеморойной переустановки в будущем?
легко, копируете папку с вашим пользователем(что в хомяке) на ssd, накатываете на nvme новую систему по тому же принципу, копируете папку пользователя обратно, создаёте пользователя указав эту папку как его хом попутно при необходимости рекурсивно меняем права(chown -R ...) в данной папке на нужные.
ну и вроде всё.
п.с.
вместе с диском докупил ещё планку памяти
раз ОЗУ у вас с избытком то чтобы меньше мучать диск можно в fstab добавить параметр commit=60 что позволит системе производить запись на диск раз в минуту держа эти данные в памяти, в принципе можно и больше, у себя например довел до двух минут и вроде пока нормально.