Смарт в норме (по крайне мере что попало в скриншот), а вот со свободным местом очень плохо.
SSD нельзя заполнять больше 75%, дальше скорость может падать катастрофически.
Попробуйте удалить 100 ГБ, подождите когда сработает TRIM и проверьте.
Все файлы небезопасны. Можно загрузить картинку, в которой будет исполеяемый код.
Вы должны настроить сервер (nginx/apache) так, чтобы в папке где будут загруженны клиентами файлы, в принципе нельзя было исполнять НИКАКИЕ файлы.