LAMP - это Linux-Apache-MySQL- PHP.
Нодой ты заменяешь сразу A и P, и никакой это уже не LAMP получается. Я бы ещё посоветовал поверх ноды поставить Nginx (из стека LEMP :))
Так же и БД ты можешь использовать другую.
Не понимаю почему ты так привязался именно к стеку.
Т.е. я где-то в консоли админ панели моего сервера пишу node имяфайла.js и сервер будет круглосуточно работать и возвращать ответ при запросе по определённому пути?
Да, именно так.
Лучше это сделать через screen или tmux
И получается, что раз сервер будет без стэка LAMP, то я теряю возможность конфигурации через .htaccess?
Да. Но не вижу в этом ничего страшного