Saboteur

Написать выпускную работу (на что уходит год и больше), и реально изучить то, что в ней написано - разные вещи.
Ну а тема обычно так и подбирается, чтобы солидно звучало. А по сути там обсфукация и в названии и в содержимом.

Если учеба пойдет хорошо, и вы будете считать себя взрослым и самостоятельным (а судя по этому вопросу, это пока не так), то с 2-3-4 курса можете посмотреть в сторону заочки и подработки, если это не будет мешать учебе.

Чем не устраивает работать на винде, а линукс запускать в виртуалке?

Неплохо, но я бы посмотрел в сторону SSD на m.2 PCI express и лучше сразу 512гб вместо устаревающего для таких вещей sata3

Сколько денег готовы на это потратить?

Не заслужили считаю

Кто не заслужил? 20% НДС получает РФ, а не Digital Ocean, такие законы.

Digital Ocean не готов сделать для всех пользователей РФ скидку в 20%.

1. Посмотреть лог /var/www/www-root/data/www/queue.log
2. Лучше перенаправить через >> а не через >, чтобы у вас в лог дописывало а не перезаписывало каждый раз.
3. Возможно завис скрипт, и не выполняет. Надо смотреть что в sh

При этом у юзера должны быть полноценные права администратора. Это не взаимоисключающие параграфы? Можно как-то сделать?

В общем случае - взаимоисключающие.

Но есть варианты
а) это ваша собственная программа, и вы внедряете пароль на ее запуск, который никому не сообщаете, и у юзера нет возможности взять эту программу еще где-либо.
б) Ставите программу на криптодиск, который монтируется с паролем и юзер его не знает
в) Бьете юзера по рукам каждый раз, когда он запускает запрещенную программу.
г) У юзера все права есть, но знания компьютера на уровне полного нуба. В этом случае можно насоздавать всяких политик, чтобы он умер в попытках нагуглить как это все поотключать.

FAR
любой другой файловый менеджер.
А если это VPS с нормальным доступом, то можно и тупо git

Так дело не в одноплатнике и не процессе. Дело в дисковой подсистеме, как она организована.

Писать самую маленькую программу в мире не нужно (62 байта).

Что-то слишком много как для самой маленькой программы в мире. Есть же гораздо меньше.

К примеру, какой примерно размер билда может быть у утилиты, которая просто отслеживает двойной щелчок мыши во всех запущенных приложениях?
GUI - просто кнопка "reset" и счетчик нажатий, без красивого оформления, с упором на минимализм. По моим прикидкам даже 100Кб будет много, хотя тянуть с собой стандартную библиотеку не зазорно, но всё же слишком жирно для такой простой задачи.

Зависит от того, что за операционная система, и перехватывает ли приложение доступ к мышке. Вы считаете размер файла на диске, или сколько программа будет в памяти занимать, с учетом подгрузки динамических стандартных библиотек?

Подразумевается, что таких мелких программ может одновременно работать очень много. К примеру, 20 штук (под разные хотелки). И если каждая будет под 100 Мб, то это как-то не круто. Вспоминаются старые добрые времена, когда всем за глаза хватало 640Кб...

Так напишите одну программу с 20-ю хотелками и все.

В старые добрые времена 640 кб никому не хватало. Вдобавок в те времена, windows была совсем не многозадачной и не умела все то, что сейчас происходит. Даже банально работа с графикой - есть разница между 320x200x256 и 1920x1024x65536.

По языкам - не суть важно. На самом деле на каждом языке можно писать с умом и оптимизацией. Но для ваших задач - нет смысла сейчас выбирать специализацию. Ваши программы очень простые. Попробуйте написать их на c++, на C# и на java/kotlin и посмотрите потом, какой язык вам больше подходит. Не бросайте все три после первой же программы. Попробуйте все-таки развиваться некоторое время во всех трех. Так поймете больше разных концепций, и собственно почему инструмент выбирают под задачу.

Вам слишком рано еще начинать специализироваться. Почти все, что вы перечислили - нужно везде. Специализацию можно начинать тогда, когда будете готовы к трудоустройству, будет за плечами несколько сделанных проектов.

Особенно если у вас есть вопросы по
1) Базовые структуры данных
2) Наборы
3) ООП
4) Написание классов.

Это значит, что вы еще не начинающий в программировании, вы просто прочитали книжку.

1. Можно ли будет настроить NAT на Mikrotik, если он теперь не управляет DHCP?

Да. DHCP всего лишь выдает настройки сети (ip/маска/default gateway/DNS сервер). неважно какой сервер это делает.

2. Как можно реализовать раздачу IP адресов на Windows DHCP, чтобы он раздавал IP адрес, если в условной базе есть MAC адрес? Чтобы не пускать неизвестные устройства в сеть.

Сделайте проще. Всем неизвестным адресам выдавать айпишники из пула адресов, который никуда не имеет доступ. А по мак-адресу выдавать конкретные IP адреса, с доступом. Можно даже разные подсети выдавать.