На сервере 1 входите в SSH и запускаете mc и в одном из окон подключаетесь по FTP или SSH на 2 сервер.
И просто копируете директорию с одного на другой (возможно даже в фоновом режиме).
Так и хочется написать, мол «rm -rf /» все вернут на место. кхм, простите :)
на счет БД: у вас же скорее всего в /var/lib/mysql лежат базы, да? сделайте так, что бы mysql был ее владельцем.
Сам VirtualBox этого сделать не может, так как не может сказать системе внутри какое она должна использовать разрешение, все происходит ровно наоборот (в данном случае VirtualBox выступает только как монитор не более).
То что вам нужно называется framebuffer настройка находится в гугле.
