SOAP может передаваться и файлами, и через http, да хоть на бумаге. Вообще протокол не описывает способ передачи сообщений, а только их структуру. Передавать и получать завернутые в xml данные может любое клиен-серверное ПО, а "специализированное ПО" нужно для того, чтобы зоворачивать эти данные в xml и извлекать их из него. В качестве ПО типа SOAP UI встречается редко, и применяется в основном в целях отладки.
WSDL - это прикладной xml документ, описывающий структуру конкретного апи. В нем написано, куда слать запросы, какие существуют функции, какие у них аргументы, какой ответ они возвращают, какие существуют типы данных и так далее. В принципе, можно и без него. Нужен он для упрощения интеграции при помощи кодогенерации.
Сообщения JSON это любые сообщения в формате json. Могут иметь любую форму и структуру. В отличии от SOAP, где правила составления всех форм и структур четко регламентированы, сообщения JSON могут быть любыми, какими захочет разработчик. Это ускоряет и удешевляет разработку (любая обезьяна, едва научившись кодить, сварганит тебе говноапи за миску дошика) но усложняет интеграцию.
RMI по сути делает то же самое, только с меньшим количеством оберток. В случае использования XML или JSON апи нужно заворачивать данные в xml/json, потом в http, отправлять на http-сервер, который потом предаст их обработчику запроса, который в свою очередь распарсит xml/json, извлечет оттуда данные и вызовет наконец-то нужную функцию, получит ответ, и прокрутит эту цепочку назад чтобы отдать ответ. RMI же сериализует данные в бинарный вид и отправляет сообщение на сервер через сокет, там их десереализует, выполняет нужную функцию, сериализует ответ и отправляет обратно.
Да, REST - это стиль, который обычно не применяют к SOAP и RMI, которые традиционно придерживаются RPC - стиля. Насколько это в принципе возможно я не знаю, поскольку никогда не пробовал и даже не задумывался об этом.
Socket - это некий канал связи между двумя программами на разных компьютерах, через который они обмениваются данными. Лежит в основе всего вышеперечисленного.
Итого:
1. Нет. Нужно вариться в этом котле, понимание будет приходить со временем и постепенно.
2. FTP, HTTP, Web-Socket, TCP, UDP, XML-RPC, gRPC.
3. Да, можно, но не стоит этого делать, это не самый эффективный способ передачи подобного контента.