1) Это значит, что кейс должен отработать, если в переменной i значение, начинающееся со строки "-u=" или со строки "--user="
2) shift сдвигает позиционные параметры, удаляя самый первый. Например, скрипт вызван так:
script.sh 1 2 3
Позиционные пераметры при этом такие:
$1=1
$2=2
$3=3
После команды shift:
$1=2
$2=3
$3 пустой
3) ;; - это часть структуры case, означает конец списка команд, входящих в этот кейс.