Ваша задача решается только аппаратными средствами. При ненадежном окружении машину нужно буквально выносить на расстояние, подальше от этого окружения (т.е. у клиента только монитор+клавиатура а редактировать документы на флешках запретить, я серьезно), это реально и не так дорого как кажется, но все же необходимо обеспечить место где железо не будет зависеть от электрика Васи и 'супер-чайника бабы Глаши'.
На самом деле тут несколько проблем, каждая из которых решается разными способами:
* сбои в железе, т.е. буквально смерть диска или флешки (нельзя на них работать, никак нельзя), в частых случаях это решают резервированием, спасибо для дисков существует RAID5, когда за счет добавление 1 диска к массиву (начиная с 3 дисков до 32 шт) обеспечивает работоспособность при потере любого 1 диска, а при добавлении 2-ух дисков, соответственно переживает потерю любых двух дисков.
* сбои в электропитании - качественный бесперебойник и настройка на автоматическое сохранение работы. Система резервного электропитания - отдельный большой разговор и дешевым это не будет, в зависимости от того, какие бывают сбои, может оказаться что единственный вариант - дорогой online ups + дизельный генератор.
Для рабочих windows и иногда и linux можно настроить hibernation по сигналу с UPS, это как минимум спасет не только файловую систему но и не сохраненную работу.
Так же есть механизмы у систем виртуализации, если гостевая операционная система не умеет hibernation, то это сможет сделать сервер виртуальной машины (кажется любой)
* сбои в софте и кривые руки пользователя - самый интересный сбой, когда по ошибке одним движением пользователь уничтожает важные данные, ошибка конфигурации отправляет базу в ноль или безвозвратно портит данные. На это тоже есть два решения, в обычном случае это регулярные бакапы, причем если есть база данных то можно сделать очень оперативный инкрементальный бакап прямо средствами БД (что то типа прерванной репликации например) и регулярные снапшоты (как еще одна форма бакапа, только не покидающая машину).
И вот тут выбор файловой системы может сильно помочь, например cow fs типа btrfs или zfs умеют делать снапшоты бесплатно, без деградации скорости работы (до этого был lvm но его снапшоты кратно! замедляли запись, пока снапшот не удалишь), у windows ntfs тоже есть shadow copy но там какие то особенности есть, не делающие это чистым снапшотом, т.е. пользовательские файлы так резервируются а система не всегда, ну через нее делают бакап перед установкой обновлений.
Можно настроить буквально поминутные снапшоты с удалением тех что старее часа/суток/... и фоновым переносом их на бакап сервер, т.е. это сочетание системы резервного регулярного и оперативного копирования