Такая проблема присутствует на частичном/не на всем железе,будь то: x86/64 под win/*nix (системный блок или одноплатный),так и MIPS SoC (Feroceon 88F6282) под *nixы.попробуй отсылать пакет WOL чем то другим, так как если проблема сразу с несколькими устройствами, то остаются варианты проблемы с сетью (фаервол какой то?) или проблемы с устройством, шлющим WOL
Некоторые приложения могут инициировать сканирование определенных портовприведите пример таких программ
Удобство, возможности и производительность - вот первое на что нужно смотреть.
Настоятельно рекомендую просто взять и протестировать, тем более linux можно установить буквально за 10-20 минут.