GameHasNoName

Как администратор - могу дать только такой совет. Или работайте по установленным правилам, или не работайте там совсем. Если вы будете обходить систему - тем самым вы привлечете к себе внимание, и если возникнут какие то вопросы и проблемы - вы будете одним из первых подозреваемых. Если вы все шифруете - аналогично. На работе - работать.

В стандарте при использовании агрегатных функций каждое поле выборки, ORDER BY и HAVING должно быть либо результатом агрегатной функции, либо входить в GROUP BY. Таким образом приведённый вами запрос в стандарте недопустим.
MySQL, до последней версии, допускал нестандартное использование агрегирования, выбирая для неагрегированых полей первое попавшееся значение. Начиная с версии 5.7 MySQL начал требовать соблюдения стандарта, и приведённый вами запрос выдаст ошибку. Вернуться к старым настройкам можно отключив режим ONLY_FULL_GROUP_BY в настройках или явно используя агрегатную функцию ANY_VALUE() на полях, которые раньше не агрегировались. Ваш запрос в этом случае будет выглядеть как

SELECT ANY_VALUE(`id`), ANY_VALUE(`name`), ANY_VALUE(`age`), COUNT(*) 
  FROM `student`;

Поскольку в запросе не указано, по каким полям проводить группировку, MySQL группирует все строки в одну. Если использовать GROUP BY <список полей>, то будут группироваться строки с одинаковыми значениями указанных в списке полей. Так запрос

SELECT `age`, COUNT(*) 
  FROM `student`
  GROUP BY `age`;

выдаст

+------+----------+
| age  | COUNT(*) |
+------+----------+
|  18  |    2     |
|  17  |    1     |
| NULL |    1     |
+------+----------+

Всё настолько просто, что проще и не придумаешь: число делится на 3, когда сумма его цифр делится на 3 без остатка. Поэтому число 13 не делится.

INSERT INTO MYTAB(ID)
SELECT LEVEL FROM DUAL CONNECT BY LEVEL<=100;

Совсем упрощенно:

Функция - когда надо получить какой-нибудь результат. Например очистка номера телефона от паразитных символов (скобки, дефисы и т.п.)

Процедура - когда надо выполнить какие-либо действия. Как образчик абстрактный документ со строками, разные действия со строками документа (добавление, удаление, изменение) и пересчет документа.

MySQL не самый показательный в этом плане, в других вариантах - функции и процедуры используются активно.

Virtualbox не предлагает ничего ставить, он предлагает сделать конфиг виртаулки, оптимальный по его мнению для этой системы. Уже неактуальная возможность, на "Linux 2.6 \ 3.х \ 4.х" встанет любой современный дистрибутив.

На поиграться - лучше ту ОС, у которой самое развитое сообщество. Сейчас это Ubuntu.

Минимальная загрузка на систему - можно выбрать Desktop Environment полегче, это Xubuntu - ubuntu + XFCE.

А можно вообще не ставить графику, любая нормальная IDE умеет подключаться к хосту по ssh и там работать. Будете кодить под Linux, не выходя из любимой винды/макоси.

У вас в задании противоречие
"Объединить эти два запроса нельзя, они по отдельности очень долго выгружаются"

Если по отдельности долго то вместе должно быть быстро.
Попробуйте хинт /*+ materialize */

select *  
    from students
    where id = 1000;

 select department, course
    from classes
    where room_id = 99997;

Ошибка - в постановке вопроса. Сам по себе raise_application_error не умеет разрывать соединения, это делается на стороне клиента. Т.е. нужно при получении sqlerror -20500 выполнить Connection::close() или что-то вроде этого, зависит от.

Хм-м... Как х..шо сформулирован вопрос!
Тут уже предлагали проиндексировать индексы?
А если процедура не selectы делает, а updatы? И на каждый апдэйт в таблице по 3 триггера срабатывает. А дополнительные индексы только усугубят ситуацию.
Кто ж знает, что эта "процедура" внутри делает -- выводы можно делать только на основании заголовка вопроса, т.к. штатный телепат в отпуске...

нужно в настройках init.ora прописать fast = true и все ...)))

Взять VPS, настроить VPN..

На офсайте есть много полезного на эту тему. И Google по запросу mysql speedup insert select может помочь

Если будете использовать InnoDB, то добавьте в заголовок еще SET autocommit=0; а после инсерта добавьте COMMIT;

Убедитесь, что виноват именно запрос. Выполните его в sqlplus'е. Если отработает — виноват не оракл, а ваш пхп. Если не отработает, то нужно разбираться с запросом. Для начала упростите запрос, оставив простую выборку из одной таблицы без вызова хранимых процедур. Потом пошагово добавляйте в запрос связки с другими таблицами, вызовы хранимых процедур. На каком-то шаге зависнет — будете хоть знаять, в какую сторону копать дальше.