Когда то приходилось работать на dial-up и из-за специфического софта от HP нужна была графика, лучшее что я придумал на тот момент, это vnc через ssh с компрессией.
Подумайте может нет необходимости в графике, так как 99% задач в Unix-like системах можно решить в консоли.

Так как внутреннего днс нету.
Пропишите обе машины в файле hosts обоих машин.

Я пробывал вот это:
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.androidlost&feature=search_result
http://www.androidlost.com/

Для работы нужна передача данных.

Вы правы, используйте Centos или OEL, так как большинство описаний серверных решений, в интернете основаны на RHEL. Не очень понял для чего вам наличие GUI, редактирование файлов конфигурации ничем не отличается. На счет ФС для samba, думаю не принципиально это, если ошибаюсь пусть меня исправят. Я бы не объеденял шлюз и внутренний smb сервер на одной машине, из соображений безопасности. На счет backup можно просто архивировать конфиги, или забирать конфиги и базы c помощью rsync на другую машину. Если инфраструктура достаточно большая можно почитать про bacula или amanda.