Есть российские ОС на базе Linux, по сути - пересборка общеизвестных дистрибутивов, иногда с достаточно глубокой переработкой. Самый известный и долгоживущий - AltLinux:
www.altlinux.ru Стоит учитывать следующие факторы:
- не всё ПО имеет аналоги под Linux. Многие программы, особенно написанные в российском госсекторе, работают только под Windows. Некоторые из них удастся запустить под wine (программа под Linux, эмулирующая Windows API), но далеко не все
- потребуется переучивать IT-персонал: системных администраторов, суппортов
- потребуется переучивать пользователей. В силу зачастую низкой компьютерной грамотности пользователей даже незначительное изменение интерфейса может сильно затруднить их работу
- под Linux есть достаточно качественный аналог MS Office - Openoffice/Libreoffice. Но для сложных документов совместимость может быть неполной
Советую делать переход постепенно, сначала отработать на небольшом подразделении. И, вероятно, для какого-то специфичного ПО несколько машин с Windows всё-таки придётся оставить.