Сделай обычную таблицу с колонками x, y, value и делай запрос SELECT value FROM table_name WHERE x = ? AND y = ?;
А ещё то что ты хочешь очень похоже на Excel, только там в качестве координаты по горизонтали используются буквы, а не цифры.
Но при этом преобразование координаты из десятичного числа в "номер" колонки в Excel - это операция, которую легко сможет сделать школьник, который не прогуливал информатику и помнит, как преобразовывать любое число из 10-чной системы счисления в n-ричную.
UPD:
Но если заполнены обязательно все клетки, то тогда дешевле будет хранить это как непрерывную последовательность символов в файле и брать значение по сдвигу.
Это при условии, что значение в каждой клетке имеет длину в 1 символ.
Но вообще если добавить больше конкретики - можно придти к наиболее оптимальному решению.
Спасибо
Алан Гибизов за напоминание, что программирование не только лишь про веб и реляционные бд.