Не знаю какая система виртуализации Вами используется, но в используемой мною (vmware vsphere)
можно поступить следующим образом, использовать thin provisioning, назначить задачу миграции ВМ на другое хранилище указав что вссё место сразу занимать не нужно. это позволяет размещать ВМ с диском в 500 Gb на диск размером в 100 Gb при условии что в данный момент занято (используется) менее 100 GB.