Простая система ЧПУ в Joomla настраивается в Общих настройках и для этого не надо трогать .htaccess , лучше его из архива с чистой джумлой взять (он там находится в виде htaccess.txt)
Управлять SEF-ссылками (слэшем в конце урл в том числе) можно также и при помощи сторонних расширений (JoomSEF, sh404SEF и т.п.) - и тоже через админку, не трогая .htaccess.
Если у вас не установлено сторонних расширений для управления SEF, то, чтобы убрать из URL-ов расширения .html, достаточно открыть в админке Общие настройки и:
Убрать слэш с конца URL - попробуйте через .htacess так:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} (.+)/$
RewriteRule ^ %1 [R=301,L]