Мне кажется, вы немного запутались с терминологией.
Прототипы (вайфреймы, мокапы) могут делаться, к примеру,
на бумаге. Могут в специализированном софте (типа Axure). Некоторые дизайнеры накидывают прототипы из готового UI кита прямо в Фотошопе (порочный подход, по-моему).
Макеты же дизайна рисуются в Фотошопе т.к. это непризнанный отраслевой стандарт для дизайна сайтов. Ну и как же без отрисовки кнопочек? Естественно, можно сразу фигачить код, но, имхо, это более затратно.