Можно получить коннект к БД через DBAL (слой абстракции, который работает поверх PDO).
$config = new \Doctrine\DBAL\Configuration();
$connectionParams = array(
'dbname' => 'mydb',
'user' => 'user',
'password' => 'secret',
'host' => 'localhost',
'driver' => 'pdo_mysql',
);
$conn = \Doctrine\DBAL\DriverManager::getConnection($connectionParams, $config);
$conn->createQueryBuilder()->select('*')
->from('users')
->where('id = :id')
->setParameter('id', 1);
Использовать абстракции моделей Симфони и вообще преимущества фреймворка (вроде DI) в таком случае не получится.
Аналога
User::find()->where(['email' => $email])->one();
в Symfony нет. Авторы Symfony против такой работы с БД, так как такой способ взаимодействия нарушает принципы
SOLID 
