Ну просто говорите заказчику что закончили отдаете ти работу и он платит , выдумывать какие то глуплсти тут лишнее , заранее ни от чего большего чем описано в начальной справке апворк не застраховаться
В договоре будет прописано кто будет налоговым агентом , по дефолту это работодатель и он обязан платить все налоги за вас, если в договоре не сказано обратное