Проще всего, наверное, сделать на электромагнитных реле:

Переключатель S1 выбирает, какой HDD должен включиться. В зависимости от его состояния, при подаче питания одно из реле K1 или K2 срабатывает, встает на самоблокировку и одновременно разрывает цепь S1. После этого щелкать переключателем уже бесполезно - второе реле не сработает. При выключении питания система сбрасывается.
Конденсаторы C1, C2 нужны для того, чтобы успела сработать автоблокировка: размыкающий контакт срабатывает на несколько миллисекунд раньше замыкающего. Диоды VD1, VD2 защищают конденсаторы от ЭДС самоиндукции.