! отказаться от Проводника в пользу файловых менеджеров (FAR manager, Total Commander, etc)
! загрузиться с LiveCD/flash USB и проверить на вирусы, наличие свободного места на диске и протестировать состояние HD/SSD
1/ обычно на LiveOS по инструкции предусмотрен каталог для хранения файлов пользователя
2/ при переносе - учитывать ограничения по размеру файлов и поддержку формата файловой системы usb flash на гостевых ОС
Поверх ещё ничего не записали из данных?
Portable-версии софта для восстановления удалённых данных и ограничения/backup нужных папок на другие носители.