В прошлом году на одном из своих проектов столкнулся с этой задачей. Я много перелопатил и пришёл к выводу, что нет ни одной библиотеки, которая бы рендерила HTML в PDF со 100% точностью. В результате использовал xhtml2pdf (наследник Pisa), убив не мало времени на изучение особенностей его работы. Думаю, стоит посмотреть в сторону наследника xhtml2pdf -
WeasyPrint.