1. Все хорошо с bash и java (так же как с zsh, ruby, python и всем остальным)
2. Eclipse в 2015 году? Когда давно существует IDEA? Однако.
3. JDK появляется у оракла.
4. clang тот же, проблем с SDL предположить невозможно
5. Переучиваться на другие клавиши необязательно, цепляйте привычную клавиатуру и
https://pqrs.org/osx/karabiner/
6. Менеждер пакетов не оставшийся в прошлом веке -
brew.sh
7. Сколько у вас дыр TB - столько и мониторов, легко можно воткнуть 4, если это MacBook pro
8. Всерьез расчитывать
работать в 13 дюймов - смешно (так же, как и в SSD размером в 128 гигов)
9. Покупать макбук без ssd - не надо, с памятью меньше 8GB - тоже.
Что надо помнить:
Мак - это BSD. (это не совсем так, но вам, судя по вопросу будет проще считать, что это так), что значит - posix и "почти линукс, со скидкой на ключи у sed", пользуетесь
cb.vu/unixtoolbox.xhtml, не зная сомнений.
У Apple отличные доки (лучше MSDN), но комьюнити в основном - всякие гуманитарии, спрашивать стоит поменьше, читать - побольше
Parallels круче VirtualBox. Но и VBox и VMWare - живут, работают
Поставить второй системой Ubuntu, скажем - исключительно просто. Хотя виртуалки для большей части задач вполне достаточно.