Читайте про то, что такое checked exceptions и unchecked exceptions.

Отличный выбор точек! Они лежат на одной прямой, так что площадь действительно равна 0.

Насколько я понимаю, cpu не при чём. На последнем графике явно виден пик iowait, значит, вам надо смотреть в сторону дисковой активности и всего такого. Настройте мониторинг IO, там будет понятно.

Ваш "Метод, который меняет два числа местами" на самом деле не делает вообще ничего (передача аргументов по значению и всё такое). И у вас изначально неправильный подход - вы запоминаете min/max, но не запоминаете их индексы в массиве.