Для блочной игры типа Minecraft можно применять Octree
https://en.wikipedia.org/wiki/Octree
Практически везде в С и других языках применяются хеш-мапы и красно-черные деревья. Они
закрывают 90% всех твоих потребностей. Вот изучи их и используй. Все прочие экзотические
структуры данных - надо обсуждать применительно к каждому случаю. Многие из них
являются просто композицией уже известных. Например LRU-лист это хеш-мапа и связный список.