При использовании подобных загрузчиков передача файлов идёт в обход формы ещё до того, как она засабмитится. Поэтому и $_FILES пуст. Сам не имею опыта работы с jQuery File Upload, использую Uploadify, но принцип один. Загрузчик состоит из flash-части, работающей на клиенте, и PHP-скрипта приёма файла, принимающего файл на сервере. Клиент помимо файлов может передавать серверному PHP-скрипту дополнительные параметры — в т. ч. задаваемые прикладным разработчиком. В качестве варианта решения можно перед показом формы сгенерить некое случайное значение (назовём его токеном), передать его как дополнительный параметр загрузчику и подставить его же в какой-либо параметр формы, а в серверном скрипте загрузчика каким-то образом организовать запоминание токена вместе с данными загруженных файлов (чтобы было понятно, что такие-то файлы связаны с таким-то токеном). Скрипт, вызываемый при сабмите формы, получает значение токена, обрабатывает файлы, связанные с ним при загрузке — профит.