1. Если вы уверены, что этот ваш
WinSCP действительно изменяет файл, а не прикидывается шлангом (c файлзиллой такое случалось раньше), то попробуйте погуглить фразу
"wordpress i make changes nothing happens". Это уже как басня, складывается впечатление что все бросаются на первый попавшийся файл и мучают его, мучают. С вероятностью в 146% вы правите не тот файл. Тут всё как обычно - если не хотите читать кодекс вордпресса и
понимать как всё работает, то дебажите всеми возможными средствами, в данном случае можете выполнять
echo в том же
functions.php. Текст не выводится? Значит, промах, ищите другой скрипт, который должен выполняться согласно иерархии,
2. То же самое - либо читаете кодекс, либо дебажите,
3. Во-первых, вы не сказали через какой протокол работает WinSCP; во-вторых, во фразе
"через WinSCP я его не вижу, однако при попытке апдейта файла пишет - заменить" я не вижу никаких противоречий, вполне возможно что некоторый странный набор настроек запрещает для WinSCP листинг этого файла, но не запрещает изменение. Кстати, файл действительно можно изменить с помощью WinSCP?