1. Не вижу в тексте вопроса ни одного селектора. К тому же ваш кусок кода не может добавлять элемент ко всем body дочерних фреймов текущего документа если он выполнен в контексте этого документа. Такое может произойти только если он выполнен по отдельности в контексте каждого фрейма,
2. Скорее всего проблема в том что у вас адрес целевых страниц задаётся с помощью wildcard, типа так:
*site.com/*
, таким образом вы выполняете скрипт не только на исходной странице, но и на дочерних фреймах. Если это так, то решить проблему можно просто не выполняя скрипт для фреймов:
if (window.top != window.self) {
return;
}