Добавить в конфиг веб-сервера локейшен, обрабатывающий все запросы с сообветствующим префиксом, то есть, в вашем случае, /download/test, и перенести basic auth внутрь него.
Запроксируйте на "двух других" урлы к статике через фоновый с кэшем - тогда они скачают файл с него всего по одному разу, положат его в кэш и затем будут отдавать из него.
Разумеется, при изменении файлов нужно менять на странице урл к нему, например, с помощью аргумента с версией.
Погрепать руками access-логи (если это разовая задача), подключить какой-нибудь Goaccess (красиво, но не вполне гибко), если хочется гибкости - ELK и т. п.
Редиректы и отображение веб-сервером сайта от симлинков не зависит - только от конфига. Если файлы с его точки зрения лежат там же - поведение будет идентичным.
Всё зависит от конкретного пакета. По идее - все конфиги должны храниться в /etc и после purge удаляться - именно в этом же его смысл по сравнению с remove. Универсального рецепта нет, короче - только следить, в какие ещё каталоги гадит ПО.