Если подтверждаете владение домена через HTTP, нужно добавить в блок, отвечающий за обработку запросов к вашему домену на 80 порту нечто подобное:
location /.well-known/acme-challenge {
root /var/www/letsencrypt;
}
Каталог, в который будет класться челлендж-файл, настраивается у Certbot`а директивой
-w /var/www/letsencrypt
З.Ы. - заметил, что вы не указали, какой у вас веб-сервер. Мой пример релевантен для нгинкса.