Вопрос о том, как управлять разработкой нескольких подсистем, в одном спринте или в нескольких (у каждой подсистемы свой) не имеет единственно верного ответа, так что это не про корректность. Тем более это не имеет отношения к JIRA, либо к любому другому трекеру.
Ключевыми понятиями Scrum (где используются спринты) являются: одна команда, общие цели на спринт, один владелец продукта.
Так, двум разным командам (со своими целями каждая) будет невозможно эффективно провести планирование спринта, участвовать в стендапах и демо.
Для начала определитесь с конфигурацией управления проектом (какое вам нужно соотношение спринт-подсистема). Из этого будет понятно какую конфигурацию настроить в JIRA, а потом станут понятны ограничения и воркэраунды.