ИХМО, Багзила только на баги. Вести в нем сложные проекты просто не удобно. А вот вывести список багов — самый раз.
Redmine — бесплатен. Активно развивается сообществом. обладает большим функционалом. (есть даже REST API, позволяющий делать всякую автоматизацию). Так же есть классный Web 2.0 интерфейс.
на hh куча статей про
redmine и
другие системы управления задачами.
Jira — платная. к ней море плагинов, но изначальный функционал — меньше чем redmine.
есть ещё платные мегаплан. заточен тоже под определенные цели
Ещё есть на hh серия постов про сравнение разные систем управления задачами (сразу ссылку не нашел, по позже кину, если найду). там 4 части аж…
В них очень полезные комментарии.