Нужно иметь в формате geoJSON полигон, который представляет собой очертания России, и выбирать те документы, которые попадают в него, с помощью
$geoWithin. Если это окажется слишком долгим запросом, можно сначала выбирать по принадлежности bounding box.
Где хранить этот полигон — дело десятое, хоть в той же монге в другой коллекции, хоть просто в джейсоне. Полигоны эти можно взять, скачав векторные очертания стран в .shp и сконвертив с помощью qgis, нагуглить нетрудно.