файлы должны подключаться по их необходимости
vuex
абсолютно ничего не меняет в сборке проекта, видимо, вы с чем-то путаете (предположу, что с .vue-файлами). Проще всего начать с vue-cli, потом, по мере надобности и роста знаний, можно будет изменить структуру проекта. Можете что-то подсмотреть у меня.много реалтайм обновлений
Какие есть альтернативы метеору?
Возможно, именно поэтому именитые проекты, использующие все эти новомодные фичи, так яростно лагают в сравнении с обычными сайтами