Для линуксов можно сделать маленький bash-скриптец для запуска хозяйства.
Для запуска приложений без GUI можно юзать терминал:
terminal --command="node app.js"
За иконку в трее может отвечать yad:
yad --notification \
--image="gtk-help" \
--command="echo 'Hello World'" \
--text="The notification's tooltip"
Вместо "echo 'Hello World'" надо вставить команду, которая, например, подымет окно терминала на передний план, тут поможет тулза wmctrl
wmctrl -a "*Terminal" 
