генерирует файлы htaccess во всех папках
Удалить их можно через SSH, командой ниже, только путь на свой поправьте и убедитесь, что нужный(-е) htaccess(-ы) не снесёте:
find /home/.../papka_saita -type f -name ".htaccess" -delete
Вот расшифровка обфусцированного кода, изучите, возможно, поможет разобраться:
https://pastebin.com/C4dk2WAX
Но по-хорошему, совет выше верный - удаляйте краденое, перезаливайте сайт, обновляйте имеющееся, перепроверяйте оставшееся.