SELECT * FROM `t0` WHERE EXISTS
(SELECT `id` FROM `t1` WHERE `t1`.`id` = `t0`.`id` UNION
SELECT `id` FROM `t2` WHERE `t2`.`id` = `t0`.`id` AND `is_active` = 1)
SELECT * FROM `t1` WHERE EXISTS (SELECT * FROM `t2` WHERE `t1`.`id` = `t2`.`id_iz_pervoi_tablici` AND `flag`=0)
Все это можно сделать в приложении, кроме того там вы получите большую гибкость и контроль за исполнением кода, и IDE не даст выстрелить в ногу.