Знаете, почему не существует Windows 9? Потому что в огромном количестве программ наглухо захардкожена проверка на определение Windows 95/Windows 98 путем поиска подстроки "Windows 9".
Аналогичным образом, в огромном количестве легаси-софта захардкожено хранение настроек прямо в Program Files, связи с чем у венды есть целое море костылей для того, чтобы подсовывать этому софту Application Data вместо Program Files (иначе UAC будет выскакивать на каждый чих).
Короче - венда это не UNIX, в ней слишком много костылей и вы не сможете ее кастомизировать, перекинув столь важный путь куда-то еще. Это в линуксе можно что угодно куда угодно слинковать и все будет работать.
Пруф
И еще один пруф о том, как криво работают симлинки...