Это да, там надо поиграться чтоб группы перенести...
Если их сначало создать, а после в таблице загрузке прописать в таблице загрузки
А так в дистрибутиве поставке есть обработка по переносу:
Перенос данных УТ 10.3 - Розница 3.0,УНФ 3.0
Перенос данных типовой конфигурации 1С:"Управление торговлей", редакции 10.3
в типовую конфигурацию 1С:"Розница", редакция 3.0./1С:"Управление нашей фирмой" редакция 3.0
как работает нескажу, но вероятно Номенклатуру точно с группами перенесет.
В УТ11 ДВА справочника Партнеры и Контрагенты, это в начале вносит путаницу