Отчеты в налоговую через 1С существуют. Причем в бумажном виде многие отчеты налоговая уже не принимает (например Декларация по НДС).
Они формируются и выгружаются в формате XML для передачи через электронную систему отправки отчетности (СБИС++,например) или напрямую из 1С (через оператора Калуга Астрал).
Ваш список отчетов зависит от того, какая у Вас установлена конфигурация 1С ( 1С Бухгалтерия 8, 1С КАА, 1С УПП, 1С Управление торговлей и т.д.)