Вообще, конечно, проверять верстку в режиме 33% (на этой отметке у меня меню складывается в Хроме) как бы странно и бесполезно. Обычно люди увеличивают страницы. Уменьшать - ну ещё понимаю 70-90%, но точно не 33%.
Однако же этот как будто бы туповатый тест выявил проблемы в верстке. Я не смотрел всё, но пресловутое меню точно сверстано плохо и ненадежно. Его ширина никак не задана и ни от чего не зависит. По сути, блок nav просто распирается набором ссылок. Ещё там есть flex-контейнеры, но у дочерних элементов никак не заданы flex-basis, grow, shrink и вот это всё. Как это должно работать?
При каких-то условиях ссылки решили сложиться - ну и почему бы нет? Им верстальщик толком не заложил их поведение, браузер волен делать что хочет.