По-хорошему, надо знать то, что потребуется для работы.
Обычно это понимание как работает командная строка, терминал, ssh.
Немножко вглубь: файлы, дескрипторы, файловая система, монтирование, симлинки, хардлдинки, пайпы, конвейеры, синтаксис перенаправления между стандартными потоками ввода/вывода, базовые утилиты командной строки (grep, ls, tee, tail, cat и т.д.), желателен какой-то опыт работы со всем этим, понимание как обычно устроен механизм передачи параметров в таких утилитах, как их выстроить в конвейер, как запаковать\распаковать поток данных на лету. Желательно понимать что такое, как устроены и для чего нужны make-файлы.
Нужно понимать как пользоваться менеджерами пакетов основных дистрибутивов, желательно в общих чертах понимать что такое докер, контейнеризация в целом, ориентироваться в командах управления образами и контейнерами, понимать что такое вольюмы и где их искать, уметь читать докер-файлы и компоуз-файлы, понимать как вообще это всё работает. Ну и GIT нужно уметь использовать.
Это основа, но наверно от джунов всего списка никто ожидать не будет - обучат по ходу дела, а если вы претендуете на большее, то сможете быстро разобраться в нужных вопросах, если претензии ваши обоснованы, а пробелы обнаружились.
